Территорию программы ЕИСП ПС Карелия образуют с финляндской стононы - региональные союзы Кайну, Северная Карелия и Оулу и с российской стороны - Республика Карелия. Прилегающими территориями программы с финляндской стороны являются регионы Лапландия и Северное Саво, и с российской стороны - Санкт-Петербург, Ленинградская, Мурманская и Архангельская области.

Все проекты, вместе с их целями и мероприятиями, без учёта местоположения партнёров, должны быть направлены прежде всего на основную территорию программы.