Vaikuttavuuden ja tuloksellisuuden parantamiseksi Karelia ENPI CBC -ohjelman hakukierroksille määritellään aiempiin ohjelmiin verrattuna selkeämmät tavoitteet ja raamit. Näin on tarkoituksena saada liikkeelle laajoja kokonaisuuksia, jotka koostuvat toisiaan tukevista hankkeista.

Ohjelman valintakomitea määrittelee kunkin hakukierroksen päätavoitteet noin vuotta ennen kuin ne aukeavat haettaviksi. Tänä aikana valintakomitea raamittaa hakukierroksen; kartoittaa tarpeet, asettaa tavoitteet ja määrittelee käytettävissä olevat resurssit. Hakukierrosten valmistelussa hyödynnetään ohjelma-alueen alueviranomaisten ja toimijoiden asiantuntemusta.

Ohjelman päätavoitteena on lisätä hyvinvointia ohjelma-alueella rajan ylittävän yhteistyön kautta. Hyvinvoinnin katsotaan koostuvan sekä toimeentulosta että elämän laadusta ja näin ollen ohjelma on jaettu kahteen toimintalinjaan; taloudelliseen kehitykseen sekä elämänlaatuun.