Karelia ENPI CBC -ohjelman EU-rahoitus vuosille 2007-2013 on 23,2 miljoonaa euroa. EU-rahoituksen lisäksi Suomi ja Venäjä osoittavat ohjelmalle vastaavan summan kansallista rahoitusta, jolloin ohjelman julkinen kokonaisrahoitus on noin 46,4 miljoonaa euroa. Lisäksi hanketoimijoiden on osallistuttava toteuttamansa hankkeensa rahoitukseen.

Sekä EU-rahoitus että kansallinen rahoitus myönnetään hankkeille hallintoviranomaisen eli Pohjois-Pohjanmaan liiton kautta.