Karelia ENPI CBC -ohjelman alueeseen kuuluvat Suomessa Pohjois-Pohjanmaan, Kainuun ja Pohjois-Karjalan maakunnat sekä Venäjällä Karjalan tasavalta. Liitännäisalueita ovat Pohjois-Savon ja Lapin maakunnat sekä Pietarin kaupunki ja Leningradin, Murmanskin ja Arkangelin alueet.

Kaikkien hankkeiden tavoitteineen ja toimenpiteineen, partnereitten sijainnista huolimatta, on ensisijaisesti kohdennuttava varsinaiselle ohjelma-alueelle.