Ohjelman hallinto perustuu osallistuvien maiden väliseen kumppanuuteen ja tasavertaisuuteen. Tämä heijastuu hallintoelinten nimeämiseen ja yksimielisyyden tavoitteeseen päätöksenteossa.

Ohjelmalle on nimetty seurantakomitea, joka vastaa ohjelmaa koskevista strategisista päätöksistä ja valintokomitea, joka vastaa hankkeiden arvioinnista ja valinnasta. Seurantakomiteassa on jäseniä varsinaiselta ohjelma-alueelta sekä Suomen ja Venäjän keskushallinnosta. Valintakomitean jäsenet tulevat ohjelma-alueelta.

Ohjelman hallintoviranomaisena toimii Pohjois-Pohjanmaan liitto.